- Pion Dyrektora
- Pion Zastępcy Dyrektora ds. Naukowych
- Pion Zastępcy Dyrektora ds. Analiz i Strategii w Zdrowiu Publicznym
- Pion Zastępcy Dyrektora ds. Bezpieczeństwa Epidemiologicznego i Środowiskowego
- Pion Zastępcy Dyrektora ds. Administracyjno-Ekonomicznych
- Pion Głównego Księgowego
- Struktura organizacyjna NIZP-PZH